会計検査院が10労働局で令和元年度から令和５年度までに支給決定を行った113事業主に対する支給額計約2.8億円を調べたところ、約３割に当たる事業者で人材開発助成金が不適切に受給されていたことがわかった。費用を企業が全額負担することが支給要件だが、アンケートや感想文の提出といった業務協力に関する別契約の対価として、実質的に訓練機関から一部費用のキックバックを受けていた。